Forschungsrahmen
Die wissenschaftlichen Arbeiten und Untersuchungen des SMNK sind Referats-übergreifenden Forschungsschwerpunkten zugeordnet, welche langfristig definiert werden. Die Forschungen am Naturkundemuseum stehen in der Regel in engem Zusammenhang mit den Sammlungen und sind in fünf naturwissenschaftlichen Disziplinen angesiedelt:
Taxonomie und Systematik
Darunter versteht man das Auffinden und Beschreiben von Pflanzen-, Pilz- und Tierarten sowie das Einordnen der Arten in Klassifikationssysteme und das Aufzeigen von Verwandtschaftsbeziehungen. Dazu gehört auch die Dokumentation der gesammelten Exemplare, besonders der Typen (Belege neu beschriebener Arten) in Sammlungen und die Verwaltung der zugehörigen Daten in Datenbanken.
Biodiversitätsinformatik
Von besonderer Bedeutung sind heute die Erfassung und Erschließung vorhandener Informationen über Pflanzen, Pilze und Tiere in elektronischen Datenbanksystemen. Moderne Datenbanken verbessern die Datenverfügbarkeit und erweitern die Möglichkeiten der Datennutzung. Nationale und internationale Vernetzung der Daten über Portale und Informationsysteme eröffnen ganz neue Wege der Datenbearbeitung, Auswertung und Wissensverbreitung.
Ökosystemforschung
Darunter versteht man die Erfassung von Funktionen und Wechselbeziehungen der Organismen in Ökosystemen, die Beschreibung historischer und gegenwärtiger Zustände von Ökosystemen. Besonders dringlich sind aktuell die Evaluierung der anthropogenen Einflüsse auf die Artengemeinschaften und Systeme sowie die Entwicklung von Konzepten zur Bewahrung und nachhaltigen Nutzung der natürlichen Ressourcen. Dafür bilden die Organismen mit der immer noch weitgehend unbekannten Artenvielfalt und der darin enthaltenenen genetischen und biochemischen Information die Grundlage.
Biogeographie
Die Erfassung und Dokumentation der historischen und aktuellen Verbreitung der Organismen auf der Erde, Analysen von Arealveränderungen durch natürliche und anthropogene Einflüsse gewinnen vor dem Hintergrund der globalen Veränderungen (Global Change) und des Klimawandels besondere Bedeutung. Beispiele aus dem Museum sind die Aufbereitung der umfangreichen Daten zu Pflanzen, Pilzen und Tieren in Form der Grundlagenwerke zum Artenschutz in Baden-Württemberg.
Evolutionsforschung
Sie umfasst die Untersuchung von lebenden und ausgestorbenen Organismen mit dem Ziel deren Abstammung und Entwicklungsgeschichte zu klären.
Mechanische und physiologische Grundlagen der Funktion werden an heute lebenden Tiere untersucht, aber auch durch den Vergleich von Fossilien mit der rezenten Fauna erfasst und leisten wichtige Beiträge zur Bionik.