Im Boden lebenden Tiere können über den Aufenthaltsort oder den Körperdurchmesser in Mikrofauna (< 0,2 mm), Mesofauna (0,2–2 mm), Makrofauna (2 - 20mm) und Megafauna (> 20 mm) eingeteilt werden. Viele Mikroorganismen leben semiaquatisch im Bodenwasser. Dagegen hält sich die Mesofauna in den Spalten und Hohlräumen des Bodens auf. Größere Tiere wühlen meist aktiv im Boden.

Durch die Bewegung der Tiere entsteht im Boden eine Vielzahl ökologischer Nischen für unterschiedlich spezialisierte Organismen. In den obersten 30 cm eines Quadratmeters Boden leben Milliarden von Individuen der Mikrofauna, über eine Million Individuen der Mesofauna, über 10.000 Tiere der Makrofauna und einige wenige Megatiere wie Maulwurf und Wühlmaus.